Ajans Beşiktaş - Siyah - beyazlı takıma 2006-2007 sezonu başında Antalyaspor’dan transfer olan ve 2007-2008 sezonu devre arasında Manisaspor ile anlaşan Burak Yılmaz, bu dönemdeki 49 resmi maçta 6 gol kaydetti.

2006-2007 sezonunda ligde 30 maçta 5 gol atan oyuncu, UEFA Kupası’nda 6 maçta, Türkiye Kupası’nda da 2 maçta forma giymesine karşın rakip fileleri havalandıramadı.

İlk sezonunda 38 resmi karşılaşmada 5 gol kaydeden Burak Yılmaz, 2007-2008 sezonunda çıktığı 9 lig maçında 1 gol sevinci yaşadı. Burak, Şampiyonlar Ligi eleme ve grup maçlarında da 1’er kez olmak üzere 2 maçta oynadı, ancak gol atamadı.

Burak Yılmaz, böylelikle siyah-beyazlı takım forması altında 49 resmi maçta 6 gol atıp iyi bir performans ortaya koyamamış ve Manisaspor’un yolunu tutmuştu.